database structure

最后tarbase数据库，推荐的multiMiR工具提供了14个数据库源tarbase数据库，涵盖了人小鼠大鼠等常见模式生物的miRNA数据研究者可以通过查询特定miRNA来获得其靶基因信息，或者批量查询多个miRNA，以获取其调控的基因集同样，研究者也可以从mRNA的角度出发，查询由哪些miRNA调控，以及miRNA与疾病或药物之间的关系在实际应用中。

1 Targetscan通过microrRNA name搜索框输入具体名称，即可显示结果如需查询具体功能基因的上游miRNA，可在gene symbol中输入基因名称，检索结果会提供详细信息2 TarBase展示具体miRNA如hsamiR107的靶基因列表，以及特定基因如KLF4的上游miRNA列表3 miRWalk这是一个综合性的miRNA靶基因数据。

1starBase 一个高通量实验数据CLIPSeq或称为HITSCLIP，PARCLIP，iCLIP和mRNA降解组测序数据支持的microRNA靶标数据库，包含了miRNAmRNA，miRNAlncRNA，miRNAcircRNA，miRNAceRNA 和RNAprotein等的调控关系整合和构建多个流行的靶标预测软件的交集和调控关系最新版本发布时间2013年11月。

miRTarBase收集实验验证的miRNA靶标数据库TarBase人工搜集实验验证的miRNA靶基因，区分有效与无效靶标miRecords包含动物miRNA靶相互作用的数据库，整合多种预测工具starBase从高通量实验数据中搜索miRNA靶标，提供可视化界面ViTad收集病毒miRNA及宿主miRNA靶基因预测信息特定研究方向工具miRNA。

众所周知的microRNA基因注释数据库目前miRBase只提供了microRNA的靶标的预测软件的链接如PicTar最新版本发布时间2010年9月3ChIPBase 整合CLIPSeq和ChIPSeq的数据探讨microRNA的转录和转录后调控，构建转录因子microRNA靶标的调控网络最新版本发布时间2012年11月4Tarbase 一。